肿瘤凝血只能想到肝癌？生信挖掘让这个热点大放异彩！

灵猫

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一提到肿瘤凝血，大家第一时间想到的多半还是肝脏的问题，殊不知凝血障碍的机制研究和众多系统性疾病的发生发展密切相关！凝血系统和肿瘤微环境之间存在着广泛而深远的相互作用，利用生信挖掘将为癌症凝血并发症的预测、临床生物标志物的发现、乃至对指导肿瘤免疫反应以及维持血管完整性的治疗提供前所未有的理论支持！
首先来带大家看看凝血团效应器肿瘤微环境的具体组成吧~
血小板和红细胞
凝血过程涉及到血小板、红细胞、血管、凝血因子等，并影响癌症的局部和全身性转移。在探讨TME的实验研究中，红细胞的作用常被低估，红细胞是重要的凝血效应因子，需要更多的研究来阐明其在TME中的作用。
多形核粒细胞(PMNs)
在炎症组织中，凝血有利于中性粒细胞的血管聚集、内皮黏附和跨内皮迁移。凝血和补体系统之间的密切联系部分解释了凝血和炎症之间的耦合，其中凝血酶可通过非常规途径直接产生炎性过敏毒素C3a和C5a，而补体系统在癌症中具有复杂的、环境依赖性的作用，可根据肿瘤类型促进或抑制肿瘤生长。
肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）
肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)是肿瘤微环境的重要组成部分，在大多数肿瘤中，TAMs的高度浸润与不良预后相关。TAM的功能异质性保证其能在正常愈合以及纤溶过程中都能发挥重要作用，总体而言，凝血与TAMs的存在及其在TME中的表型密切相关。
肿瘤浸润淋巴细胞(TILS)
肿瘤浸润淋巴细胞(TILS)是深入肿瘤组织间质中的、具有更强杀伤能力的淋巴细胞，主要类型包括T细胞和NK细胞等。功能失调的肿瘤血管以及纤维蛋白在癌细胞和免疫细胞之间建立物理屏障的能力限制了淋巴细胞的进入及其与癌细胞的接触。此外，高肿瘤间质压力使肿瘤血管的管腔变小，可能会加剧缺氧和营养不良，不利于T细胞功能的发挥。重要的是，凝血通过改变抗原呈递条件发挥免疫调节作用。
癌症相关的成纤维细胞(CAFS)
癌症相关的成纤维细胞(CAFS)是TME中重要的细胞群，在癌症的增殖、进展和侵袭中发挥作用。
肿瘤血管内皮细胞(TECs)
血管畸形和渗漏在肿瘤中较为常见，肿瘤血管的复杂组成需要结合基因组编辑和先进的成像技术来进行体内研究，以精确检测凝血在每种细胞类型中的作用。


那么这样一个复杂多变的凝血系统和系统性疾病的癌症是如何互相影响以至“狼狈为奸”的呢？这篇发表在Trends in Cancer 的高质量综述“Coagulome and the tumor microenvironment: an actionable interplay”为研究人员带来了重要启迪。在临床环境中，凝血和纤溶生物标志物的作用机制较为复杂，研究人员正在建立凝血组模型并将其与炎症标志物和TME中的适应性免疫联系起来。进一步研究肿瘤凝血和TME之间的相互作用，不仅可以更好地理解这些系统之间调节机制，也为作为系统性疾病的癌症提供了医学领域的崭新视角。


那么以凝血为切入点的肿瘤类生信研究都能发什么样的文章呢？
案例1
利用凝血相关基因预测胃癌患者生存率和肿瘤侵袭
“Higher intra-tumoral expression of pro-coagulation genes is a predictor of angiogenesis, epithelial mesenchymal transition and worse patient survival in gastric cancer.”


主要看点：更具有拓展思维的科研er会抛开结构和功能的相似，聚焦到特定功能相关的基因上，进入到基因家族分析2.0时代！本文巧妙利用凝血相关基因，分步探究了凝血score与临床肿瘤侵袭性、血管生成、免疫、基因组稳定性、细胞增殖以及恶性细胞转移的关系。期刊即时影响因子：5.9426。
案例2
即便是肝癌，也能通过bulk RNA数据纯挖掘联系凝血发高分！
“Immune infiltration and clinical significance analyses of the coagulation-related genes in hepatocellular carcinoma.”


主要看点：本研究主要研究目的是探究凝血与肿瘤微环境（TME）的相关性，研究凝血相关基因(CRGs)的预后价值。作者首先基于TCGA_HCC数据聚类识别凝血相关分子亚型，比较两种凝血亚型在功能通路、肿瘤微环境和免疫治疗反应方面的差异。然后，筛选出凝血途径中的关键基因，并验证了它们对HCC患者的预后价值，并基于机器学习构建了HCC患者的凝血相关风险评分(CRRS)预后模型。最后评估了风险评分(CRRS)的生存预测性能及其与肿瘤治疗的关系。
除此之外，肿瘤凝血和非肿瘤类疾病的关联也非常大，基于凝血关键词在已中标基金中进行检索还可以发现以下主题：凝血如子宫内膜异位症、肝脏胰岛素抵抗、脓毒症凝血紊乱、肝移植后缺血再灌注损伤、脑积水形成、肝脏炎性损伤、糖尿病心肌病、静脉血栓形成、心梗发生、肝衰竭、血友病、荨麻疹等。肿瘤凝血只能想到肝癌？真是太小瞧生信挖掘的潜力啦！
下面再展示一下近几年其他类型与凝血相关的中标课题：


数据来源：基金委、
Paper助手（ http://www.paper-assistant.com ）
有了肿瘤凝血这一绝佳研究切入点，即便是“套路化”的分析方法也可以解决层出不穷的个性化问题，还愁挖掘不出一篇高水平的生信好文章？
原文链接：

掌上财富

very good